Pour s’assurer que CLIMERI reste guidé par les priorités des groupes de modélisation, la direction est assurée par les responsables des groupes du CNRM et du centre de modélisation du climat de l’IPSL (IPSL CMC qui fédère l’activité des laboratoires concernés).

Ce comité est formé des représentants des tutelles contribuant à CLIMERI. Les tutelles du premier cercle – CNRS, Météo-France, CEA – sont directement concernées par le développement des modèles et la mise à disposition de moyens de calcul et de stockage nationaux. Les tutelles du second cercle – CERFACS, IRD, UPMC – sont concernées par les personnels rattachés à CLIMERI et les moyens d’analyse (calcul, stockage) locaux. Ce comité comporte également un représentant du ministère chargé de la recherche. La direction de CLIMERI participe à ce comité à titre consultatif.
Le comité d’orientation statue sur le programme d’activité de l’infrastructure et prend les décisions sur la mise en place des moyens nécessaires à son fonctionnement, en particulier en termes de calcul et de stockage. Il statue annuellement. Il peut être convoqué plus fréquemment sous l’impulsion de l’un de ses membres ou de la direction de CLIMERI pour se positionner sur des questions stratégiques ou de moyens.

Le comité scientifique est composé par les membres du comité directeur et des membres des comités scientifiques des groupes de modélisation de l’IPSL et du CNRM–CERFACS auxquels est adjoint un représentant de IGE (Grenoble) et des utilisateurs. Les membres sont nommés par chaque groupe de modélisation pour une durée de 2 ans renouvelable et ont comme mission de coordonner et animer les différentes activités de l’infrastructure. Le comité se réunit au minimum une fois par an pour établir le bilan annuel de l’infrastructure et la feuille de route de l’année suivante. Il est saisi au fil de l’eau (par la direction ou l’un des membres du comité) dans son ensemble ou par sous-groupes pour traiter des questions spécifiques aux différentes thématiques et assurer l’animation scientifique.